Atopodentatus dài 3 mét (9,8 ft). Nó có cơ thể thon dài, cổ tiêu giảm, các phần phụ và hông khỏe Atopodentatus đều cho thấy bò sát này bán thủy sinh trong tự nhiên.[2][4]

Đặc điểm kỳ lạ nhất của Atopodentatus là hàm trên với răng chạy dọc theo viền hàm và ở phần giữa hàm tách ra theo chiều thẳng đứng. Điều này là cho hàm trên của nó trông như "nụ cười khóa kéo răng nhỏ". Hàm trên cong xuống.[4] Răng giống kim khâu của Atopodentatus phủ men răng.[2][4] Hàm dưới có hình xẻm và có 190 răng nhỏ chạy theo viền hàm.[2]